LA TRAMA OCURRE En el 2137, Amanda Ripley, ingeniera de Weyland-Yutani e hija de la desaparecida tercera oficial de la USCSS Nostromo, Ellen Ripley, es contactada por el androide ejecutivo, Christopher Samuels, para informarle que la caja negra de la Nostromo ha sido recuperada por la nave de transporte Anesidora y esta en posesión de la corporación Seegson en la Sevastopol, una estación espacial de comercio orbitando al gigante gaseoso KG348 en el sistema Zeta Reticuli. El equipo de Wey-Yu conformado por Amanda, Samuels y la ejecutiva de alto rango Nina Taylor, comienzan su vector de aproximación abordo de la nave de carga y transporte de pasajeros, Torrens, tripulada por su capitána Diane Verlaine y su navegador y encargado de telecomunicaciones William Connor.
Tras un fallido intento de establecer contacto por radio con la Sevastopol, en el que solo reciben un mensaje de advertencia lleno de estatica de parte del mariscal colonial Waits, jefe de seguridad de la estación, indicandoles que no pueden recibir pasajeros y ante la poca claridad de la situación, el equipo decide abordar la estructura mediante una caminata espacial, pero, a los pocos metros de alcanzar la esclusa de aire una explosión hace que el cable guia se corte y el equipo se separe, dejando a Amanda como unica posible sobreviviente. Al ingresar a la estación, Ripley la nota vacia y silenciosa y las unicas personas que la habitan son grupos de saqueadores atemorizados y paranoicos, acaparando los pocos recursos presentes en la nave y disparandole a cualquiera que no pertenesca a su grupo.
Luego de explorar el area de llegadas espaciales, Amanda se encuentra con Axel, un solitario sobreviviente que al principio amenaza con matarla, pero luego lo convence de sacarlo de la estación si la ayuda a encontrar la caja negra, Axel accede y mientras caminan le cuenta de un supuesto "monstruo" suelto que mata a cualquiera que se le cruce en su camino, pero este muere al ser atacado por ese mismo monstruo, un xenomorfo suelto en la estación, posteriormente Amanda encuntra la grabadora de vuelo en la sección de apoyo tecnico, pero sus datos estan dañados y no pueden ser leidos. Tras evitar al Alien y a los sinteticos "Androides Amigos", ahora hostiles hacia los humanos, Ripley contacta a Samuels y le dice que Nina esta herida y necesita ayuda medica urgente, por lo que se dirige a la estacion medica San Cristobal para encontrar ayuda. Ahi solo encuentra un solo medico, el doctor Khulman, que tomo refugio en la recepción del lugar, este guia a la ingeniera por el lugar diciendole que ahi atendian casos de esquizofrenia debido al ambiente del espacio, pero los tratamientos fueron dejados de lado para racionar suministros medicos, tras no encontrar nada Khulmer le indica que puedan haber medicinas en la zona de operaciones, pero al momento de querer dejar la recepción para apoyar la busqueda, este muere a manos del Alien.
Al encontrar un equipo de urgencias e intentar dejar la sala de operaciones siendo perseguida por la criatura, esta activa una trampa explosiva para matar al Alien, pero solo lo ahuyenta. Ripley se reencuentra con Samuels y Nina, que estan junto con el mariscal Waits y su ayudante Ricardo, ella le exige respuestas sobre la situación en la estacion y le reponde que el xenomorfo fue traido en la misma nave que trajo la caja negra de la Nostromo, la Anesidora. En la oficina de los mariscales coloniales, Amanda interroga a Marlow, capitán de la Anesidora y este le cuenta que aterrizaron en el mismo planetoide en el que su madre y su tripulación exploraron hace 15 años, LV-426, siguiendo la misma transmisión de la nave de los Ingenieros que el otro equipo bajo a revisar. Tras entrar a la estructura, Marlow apaga la baliza de transmisión de la nave y bajan a explorar los confines de la estructura, donde encuentran la camara llena de huevos, en la que su esposa Catherine Foster termina infectada por un abrazacaras, desesperado por ayuda, el capitán decide poner rumbo a la Sevastopol, donde entrega la grabadora a cambio de pasar el control de cuarentena, ahi la doctora Lingard chequea a Catherine, notando la existencia de un parasito desconocido dentro de ella, que termina siendo el xenomorfo y al cabo de poco tiempo este emerge de su huesped.
Despues de finalizar su relato, Waits le pide a Ripley que le ayude a sellar al Alien en Soluciones Exoplanetarias Geminis, un modulo de investigacion que puede ser desacoplado de la Sevastopol, pero ella termina siendo traicionada por el mariscal, que desacopla el modulo con ella aún dentro, aun asi logra escapar y puede volver a la estacion, dejando atras al modulo y al alienigena que se desintegra al entrar a la atmosfera del planeta. Con el problema de la criatura ya solucionado, Amanda intenta volver a la oficina del mariscal, pero en el camino se encuentra con androides que han dejado sus puestos habituales y que segun Waits estan cazando y matando a todos. Al llegar a la oficina, Ripley pide que le abran las puertas, pero solo escucha a Waits siendo ahorcado por un androide y tras volver al lugar mediante una ruta alterna se encuentra con todos sus ocupantes muertos, incluyendo al mariscal, y Ricardo siendo la unica persona viva en la oficina.
Tras intentar aclarar la incognita de quien le ordeno a los androides matar a todos, llegan a la conclusion de que APOLLO, la inteligencia artificial a cargo de los sistemas tecnologicos y de telecomunicaciones de la Sevastopol, fue la responsable, se ponen en contacto con Samuels, que fue al modulo de APOLLO para desactivar a los androides, al llegar ahi Amanda sorprende a Samuels intentando accesar manualmente al nucleo de la inteligencia artificial, pero esta termina desactivando al androide de Weyland-Yutani pero no sin antes abrirle el paso a los servidores de APOLLO. Ya en los servidores y accesando a la interfaz de usuario de la computadora para desactivar a los sinteticos, esta se lo prohibe debido a la orden 939, misma orden implementada por Weyland-Yutani durante el primer encuentro con el xenomorfo, ahora dueña de la estacion, que especifica la protección del especimen alienigena a expensas de las vidas humanas en la nave, Amanda le pregunta a APOLLO por que no se puede revocar la orden y esta la envia al reactor, donde ahi se encuentra el nido del Alien, donde se encuentran todas las personas secuestradas, ahora muertas, y varios xenomorfos nacidos de esas personas.
Decidida a destruir el nido para eliminar a los alienigenas, Ripley pone en estado critico ambos reactores para incinerar la guarida de las criaturas, tiene exito pero algunos Aliens logran escapar hacia las cubiertas superiores de la estación, dejando atras el reactor, Ricardo contacta a Amanda para mostrarle un audio de una conversación entre Nina y Marlow en la que ella le revela que fue enviada a asegurar el especimen y tambien le ofrece libretad a cambio de revelarle la ubicación del planetoide, ahora sabiendo que la Anesidora esta cerca para poder usarla como medio de escape, Ripley usa una capsula ambulancia para abordar la nave. Activando la corriente de la Anesidora, Marlow revela que secuestró a Taylor y le muestra el contenido de la caja negra, que tambien posee un mensaje personal de Ellen a Amanda, contandole de la destrucción de la Nostromo, la perdida de toda su tripulación a manos del Alien y prometiendole volver pronto, con el mensaje ya escuchado, Marlow esta decidido a destruir al alienigena para que la humanidad no entre en contacto con esta plaga, sobrecargando el reactor de su nave para que este explote con la potencia de un arma nuclear, pero antes de finalizar el proceso Nina lo golpea con una llave de tuercas, matándolo, ambas mujeres intentan abortar el proceso pero, solo logran bajar la potencia de la explosion y la nave termina desarmándose con Taylor dentro de ella y Ripley escapando en la capsula.
Aunque la estación no fue destruida en la explosión, su estabilizadores gravitacionales terminan severamente dañados, haciendo que esta comience a precipitarse al gigante joviano, como ultima esperanza para escapar, Amanda alinea los platos satelitales manualmente para ponerse en contacto con la Torrens para poder ser evacuados, tiene éxito y al momento de ir por Ricardo este se encuentra con un abrazacaras pegado a el y se ve forzada a abandonarlo, al momento de intentar dejar la Sevastopol mediante una caminata espacial, esta es secuestrada y llevada a un nuevo nido cerca de la central de comunicaciones, logra escapar del lugar y volver a la exclusa de aire. Ya en el exterior de la estación, Ripley debe desanclar la nave de forma manual pero termina siendo acorralada por los xenomorfos sobrevivientes, pero logra deshacerse de ellos liberando justo a tiempo la nave de sus anclajes y dejando a las criaturas flotando a la deriva y a la Sevastopol desintegrándose en la atmósfera de KG348. Al entrar a la Torrens e intentar contactarse con Verlaine sin resultados, un Alien la acorrala en la esclusa de aire de la nave y como última instancia para evitar la muerte abre la compuerta y ambos salen expulsados a presión fuera de ella, la escena final muestra a Amanda flotando en el espacio, despertando al ver una luz de una nave que se le acerca
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